A Escola EB2,3 Dr. Joaquim de Magalhães localiza-se na Horta do Ferragial, zona onde se localizava uma das muitas antigas hortas da antiga cidade de Faro. A escola está situada muito perto da baixa da cidade, tendo como limites a este a rua Eng. Joaquim Lopes Belchior e a linha de caminho de ferro para lá da qual se estende a Ria Formosa, a sul as traseiras da Escola de Hotelaria e Turismo, a oeste a escola confina com a urbanização e a norte com o Jardim da Alameda, o Instituto da Juventude e a Biblioteca Municipal. Inicialmente designada por Escola C+S Faro nº 2 a escola nasceu em 1985 através das Portaria nº 465/85 mas apenas entrou em funcionamento nas actuais instalações no ano lectivo 1987/88. Em 1991 muda de designação em homenagem ao emérito professor Dr. Joaquim Magalhães. Em 16 de Julho de 1998 foi inaugurado o pavilhão gimnodesportivo, tendo sido dotada de um auditório e remodelada a Biblioteca em 1999. Nos últimos anos destaca-se a reconversão dos antigos balneários exteriores em 2 salas de aula e uma sala de informática e o apetrechamento de um elevado número de salas com video-projectores e quadros interactivos.

Na escola são oferecidas como opção artistica de 3º ciclo as disciplinas de Música e de Cinema para além da obrigatória Educação Tecnológica (os alunos no 7º e 8º ano frequentam Educação Tecnológica +1 disciplina de opção em regime semestral).

Como Língua Estrangeira 2 os alunos têm como opção as disciplinas de Francês ou Espanhol. Nos últimos anos não tem havido um número de alunos suficientes para constituir uma turma de Alemão funcionando um Clube de Alemão para os interessados.

São aliás diversas as actividades extra-curriculares oferecidas aos alunos, na sua maioria sob a designação de "Clube": xadrez, fotografia, música, artes digitais, alemão, jornalismo. Existe ainda uma forte tradição de Desporto Escolar nas modalidades de futebol, dança, natação, basquete, badminton, e atletismo. Anualmente, para além da participação nos campenonatos regionais das diversas modalidade, são realizados o corta-mato escolar, a festa do atletismo (na pista de atletismo de Faro) e a corrida de orientação, eventos desportivos que envolvem um grande número de alunos - a corrida de orientação de 2010 teve 300 participantes!